Карцер (штрафной изолятор) — фактически «тюрьма в тюрьме», куда помещали на несколько дней заключённых, нарушивших лагерный режим.Название карцер использовалось раньше, а сейчас его называют штрафным изолятором. Как правило, он представляет собой одиночную камеру для провинившихся заключённых или тех, кто не соблюдал правила тюрьмы. Туда можно попасть, если, например, напасть на надзирателя или организовать побег, но можно и в других случаях в зависимости от строгости тюрьмы. Так, в одиночную камеру сажают тех, у кого находят запрещённые предметы, например, карты или алкоголь. Законодательство регулирует то, как должен выглядеть карцер — его размеры и предметы мебели, но это не всегда соблюдается.
В 1939 году Москва выпустила подробную инструкцию, где, в частности, описывались устройство штрафных изоляторов и правила, которым должны были подчиняться штрафники. Каждый лагпункт или группа лагпунктов, если они были мелкие, имел свой ШИЗО, обычно за зоной, а если в ней, то окружённый «глухим забором» и стоящий в отдалении от других построек.
В центральных штрафных лагпунктах были как общие, так и одиночные камеры (карцеры). Последние находились в специальном помещении и предназначались для «особо злостного элемента». На работу из карцера не выводили. Запрещались прогулки, пользование табаком, бумагой, спичками. И это помимо накладываемых и на обитателей общих камер «обычных» запретов на переписку, получение посылок и свидания.
С точки зрения лагерного начальства, ШИЗО были необходимы с единой целью — заставить заключённых работать изо всех сил. Как и штрафной паёк, штрафной режим должен был пугать потенциальных отказчиков; он, кроме того, был наказанием для тех, кто совершал лагерные преступления, такие как убийство или побег.
Само существование штрафных изоляторов давало заключённым выбор: либо работать, либо попадать на определённый срок в ШИЗО, где очень скудно кормили, где страдали от холода и многих неудобств, но зато не изнуряли работой в лесу или забое.
Штрафной режим был чрезвычайно строгим, обитатели штрафных изоляторов получали: 300 граммов хлеба в сутки, кипяток и раз в три дня — «жидкая горячая пища» (баланда).
Для большинства заключённых, тяжелее всего в штрафном режиме были дополнительные страдания, которым местное лагерное начальство подвергало их по своему усмотрению. Скажем, приходилось спать на голом топчане. Или давали хлеб из некачественной муки. Или «жидкая горячая пища» была чрезвычайно водянистой. Сырость и холод были обычным явлением. Хотя по инструкции температура в штрафных изоляторах не должна была опускаться ниже 16 °C, отоплением часто пренебрегали. Лагерное начальство решало, оставлять ли штрафнику одежду (многих держали в изоляторе в одном белье) и выводить ли его на работу. Если не выводили, он все время находился без движения в холодном помещении. Если выводили, он сильнее страдал от голода.