Указом Президента Российской Федерации от 02.02.2016 № 41 «О некоторых вопросах государственного контроля и надзора в финансово-бюджетной сфере» упразднена Федеральная служба финансово-бюджетного надзора, а органы Федерального казначейства наделены новыми полномочиями по осуществлению внутреннего государственного финансового контроля.
— Контрольно-ревизионный отдел в сфере деятельности силовых ведомств и судебной системы;
— Контрольно-ревизионный отдел в социальной сфере, сфере межбюджетных отношений и социального страхования;
— Контрольно-ревизионный отдел в сфере развития экономики;
— Организационно-аналитический отдел.
Новые структурные подразделения УФК по Омской области были полностью укомплектованы специалистами упразднённого Территориального управления Федеральной службы финансово-бюджетного надзора в Омской области, что позволило обеспечить непрерывность контрольных функций, а главное — сохранить преемственность, накопленный опыт и кадровый потенциал ревизорского корпуса.