В это время в Москве в Научно-исследовательском и конструкторском институте химического машиностроения (НИИХиммаш) шла напряжённая работа над проектом первого промышленного реактора. 

Директор НИИХиммаш Н.А. Доллежаль предложил вместо горизонтальной схемы, как это было в реакторах, построенных в США, вертикальное размещение технологических каналов. Этот вариант снимал проблемы деформации многих конструктивных элементов работающего реактора. Кстати, именно, с тех пор вся мировая практика реакторостроения выбирала только вертикальное расположение технологических каналов. Проект реактора «А» был полностью утвержден зимой 1946 г. Главным конструктором промышленного реактора был назначен Н.А. Доллежаль, главным технологом проекта — В.И. Меркин и единственным неизменным участником оставался научный руководитель работ И.В. Курчатов.