С 11 по 13 июля 1991 г. при содействии Президента России Б.Н. Ельцина и Главы Администрации Свердловской области Э.Э. Росселя в «Поросёнковом Логу» на обнаруженном в 1979 г. месте А.Н. Авдониным были организованы официальные археологические исследования силами специальной группы. В результате раскопок на глубине от 70 см до 1 м обнаружились скелетированные останки девяти человек, сложенные друг на друга, множество фрагментов костей, зубы, керамика, обрезки веревки, 11 пуль. На черепах и костях имелись огнестрельные и другие механические повреждения. Для их транспортировки в Екатеринбург из ближайшей воинской части привезли снарядные ящики. В октябре 1991 г. по распоряжению приехавшего в Екатеринбург эксперта-антрополога С. Абрамова при участии А.Н. Авдонина было произведено второе вскрытие захоронения, в ходе которого было найдено ещё множество фрагментов костей.

В 1992–2000 гг. в районе Ганиной Ямы также проводились археологические работы, направленные на поиск останков императорских детей. Сотрудниками экспедиций было обнаружено 238 предметов, в том числе части одежды, обуви, обломки драгоценностей, пули и гильзы. 

Кроме того, на площадке у шахты № 7 были извлечены костные фрагменты животных, которых употребляли в пищу рабочие в XIX в.