Важным этапом развития казначейской системы стали административные реформы начала XIX века.
В сентябре 1802 года Император Александр I издал Манифест «Об учреждении министерств». Согласно данного документа вместо существовавших ранее коллегий в России было сформировано восемь министерств, в том числе и Министерство финансов, ставшее главным финансовым ведомством Российской империи, в состав которого входило и казначейство.
Первым министром финансов стал выдающийся финансист Алексей Иванович Васильев, заложивший принципы формирования и исполнения государственных росписей доходов и расходов, формирования денежной политики российского государства. С этого времени управление финансами государства становится самостоятельным и централизованным.
Согласно реформе 1822 года в Сибири было создано Западно-Сибирское генерал-губернаторство, в которое вошла вновь учрежденная Омская область. С развитием экономики и торговли Сибири возрастает значимость города в экономической и политической жизни края. В связи с этим при областном правлении создается Омская казенная экспедиция Министерства внутренних дел, которая занимается финансовыми вопросами и контролирует работу казначейских органов Омской области.
В 1838 году Омская область была упразднена и присоединена к Тобольской губернии. В Омск из Тобольска переезжает Главное управление Западной Сибири, город становится главным административным центром Западной Сибири (omsk.roskazna.gov.ru).