Одни из самых древних предметов, находящихся в коллекции музея, — каменные топоры эпохи неолита.
Топоры из отшлифованной скальной породы относятся к стандартным находкам эпохи позднего каменного века (неолита). В экспозиции Зеленоградского городского краеведческого музея представлено три каменных топора разной формы и размеров. К сожалению, обстоятельства, при которых они были найдены, неизвестны, поэтому и восстановить хронологический контекст для каждого из них не представляется возможным. Остается только предположить, что самый большой и хорошо отшлифованный топор был перемещен на побережье откуда-то из-за пределов Юго-Восточной Балтии. Территория региона крайне бедна минералами, в том числе и камнем: материала для изготовления подобного каменного топора здесь просто нет.
Два других топора из коллекции музея более скромных размеров и изготовлены уже, вероятно, на близлежащих территориях из местных мягких осадочных пород, встречающихся на побережье Балтийского моря. Один из топоров представляет особый интерес: он остался недосверленным, и в нем ясно видны следы сверления с помощью трубчатой кости (под кость подсыпали песок). При этом кость обертывали тетивой лука и вместе с камнем зажимали в подобие токарного станка, сделанного из связанных палок.
Шлифованные каменные топоры рассматривались как средство престижа и косвенно указывают на социальную иерархию. Эта традиция в Юго-Восточной Прибалтике, на территории исторической Пруссии, оказывается на удивление живучей и прослеживается в местном археологическом материале вплоть до XIV века. Так, в 1990–2001 годах неподалеку поселка Знаменск Гвардейского района Калининградской области, в погребении ХIV века, был обнаружен каменный молот с железным гвоздем для крепления к рукояти. Размещение молота в погребении давало понять, что использовался он в роли жезла. Топоры-молоты характерны для времени позднего неолита — ранней бронзы, и их находка в могилах XIV века — также яркий пример, доказывающий длительное сохранение местным населением древних языческих традиций.
