Сталин назначает его уполномоченным Государственного комитета обороны по заводам оборонно-промышленного комплекса. 2 июля 1941 года Матвей Федорович получает направление в город Тулу руководить эвакуацией Тульского оружейного завода. В ходе всей войны Шкирятов контролировал работу металлургических заводов, в том числе и в городе Златоуст, в который частично был эвакуирован ТОЗ (Тульский оружейный завод). Златоуст стал третьим городом трудовой доблести в Челябинской области. Неоднократно Шкирятов посещал Златоуст. В годы Великой Отечественной войны здесь на Златоустовском оружейном заводе выпускались сталь и прокат, корпуса снарядов и мин, холодное оружие и пулеметы, часы, а в декабре 1941 года изготовлен бронепоезд «Большевик Урала».
В 2023 году невестка Шкирятова М.Ф. — Нина Борисовна Шкирятова передала нож в музей на постоянное хранение, который был выпущен на оружейном заводе города Златоуст и подарен советскому политику тульскими заводскими работниками за успешное проведение эвакуации оборудования Тульского оружейного завода в Златоуст.