Во время заключения Соглашения о Башкирской Автономной Социалистической республике для окончательного решения военного вопроса в Москву была еще раз направлена делегация Башкирского правительства в составе А. Валидова и И. Алкина. Они в разговоре по прямому проводу с А. Адигамовым и Ф. Тухватуллиным сообщили следующее: «Приехали 21 марта. Мы теперь заняты выяснением военного вопроса — разработкой штатов управления отдельной башкирской армии».
В результате этих переговоров и было издано Секретным приказом Реввоенсоветом РСФСР (Российская Советская Федеративная Социалистическая Республика) № 615 «Положение о Башкирском военном комиссариате» от 5 апреля 1919 г. Оно состояло из 11 пунктов. Был дан старт формированию башкирской армии в составе одной четырехполковой кавалерийской дивизии и трехполковой стрелковой бригады.
Приказом № 616 того же дня Реввоенсовет наделил большими полномочиями Башкирский военный комиссариат. Органами военно-административного управления являлись Башкирский военный комиссариат и кантонные военные комиссариаты. Военному комиссариату Башкирии предоставлялось право окружного военного комиссариата с непосредственным подчинением его центру РСФСР; Башвоенкомату — право окружного военкомата; на комиссариат возлагалось формирование отдельной Башкирской армии по особому расписанию; ввиду этого военному комиссару Башкирии предоставлялись права командующего Отдельной армией, а военному руководителю — права начальника штаба Отдельной армии. В марте 1919 г. из-за конфликта с руководством и личным составом ряда красноармейских подразделений произошел незапланированный переход некоторых башкирских частей обратно на сторону колчаковских войск. В итоге, у большевистского руководства зародилось определенное недоверие к башкирским военнослужащим. Несмотря на просьбу военкома З. Валидова разместить башкирские части в г. Оренбург, председатель Реввоенсовета Л.Д. Троцкий приказал направить их в другой регион страны — в г. Саранск. Здесь в мае 1919 г. из разрозненных частей бывшего Башкирского корпуса представители Башвоенкомата начали комплектовать два пехотных и два кавалерийских полка. Фрунзе планировал привлечь башкирские части для участия в освобождении территории Башкирской Республики. Однако Л.Д. Троцкий не планировал видеть башкирские части на Восточном фронте. Удобным поводом стало осложнение ситуации красных войск на Южном фронте. В начале июня 1919 г. председатель Реввоенсовета приказал отправить башкирские полки из Саранска в Харьков. 13 июня 1919 г. полки выдвинулись на Украину.
