Храм на Нерли — первый в России освящен в честь праздника Покрова Пресвятой Богородицы. Незадолго до строительства церкви священниками и самим князем был принят этот духовный праздник в знак особой милости Пресвятой Девы к земле Владимирской. Главный храм Владимира тоже посвящен Богоматери — в отличие от Киева, Новгорода, Пскова, Полоцка и других княжеских столиц.

Фрески, украшавшие стены храма Покрова на Нерли изображали царя Давида на троне. У его ног — львы и грифоны, а вокруг парят голуби. Три женских лика на фресках, как и во всех владимирских храмах, символизируют Богородицу.

В ХVIII веке церковь едва устояла под натиском времени. Крыша почти осыпалась, купол чуть не обвалился, повреждены оказались и резные барельефы. К 1784 году храм пришел в столь плачевное состояние, что настоятель Боголюбова монастыря запросил у епархии разрешение разобрать церковь, а камень пустить на новую колокольню. Уцелело белокаменное чудо по мирским причинам: рабочие затребовали столь высокую цену, что храм решили оставить и даже отреставрировали.