Они обитают в труднодоступных участках гор с крутыми склонами, многочисленными скалами и каменистыми осыпями. В скалах он спасается от волков и здесь же отдыхает на лежках. Особенно высоко в скалы забираются взрослые самцы, самки с молодыми держатся ниже. Самцы и самки всю жизнь носят рога. Внутри рога пустотелые, нижней частью прочно насажены на лобный выступ черепа — стержень. Рога самцов красивые, большие, толстые, изогнуты назад и вниз. У самок рога небольшие, обычно без валиков. По рогам самца можно узнать возраст животного, для этого надо число валиков разделить пополам и прибавить единицу. Вес самцов достигает внушительной цифры в 150 килограмм, но это не мешает им ловко и умело маневрировать среди скал. Тело мускулистое, поджарое, стройное. 

Ноги не длинные, и довольно толстые. Заканчиваются тонкими, плоскими копытами. Копыта горного козла устроены так, что исключают проскальзывание на гладких, сильно наклонных поверхностях. По бокам копыт имеется специальный выступ — рант, а подушечки пальцев относительно мягкие. Вещество копыт быстро отрастает, так что они не успевают изнашиваться. Строение ног позволяет делать большие прыжки на крутых склонах и скрываться от хищников. 

У животных очень густой пушок под шерстью, благодаря чему теплозащитные свойства шерстного покрова высокие. Эти животные крайне осторожны и пугливы, а прекрасно развитое зрение и обоняние помогают им избежать многих опасностей. Встревоженные звери издают резкий свист. 

Их естественные враги — это волки, рыси, росомахи и снежные барсы. На молодых козлят могут нападать лисицы, беркуты. Молодые самцы часто покидают свою группу, отправляясь за десятки километров от сородичей. Наблюдения показали, что такое поведение обусловлено иерархией и ролью этих особей. До определенного возраста они выполняют роль разведчиков, проверяют местность на опасности и разыскивают богатые пищей места. Зимой о приближении хищников стадо предупреждают не только удаляющиеся разведчики. Рядом с ними селятся улары, птицы из семейства фазановых, которые предупреждают соседей об опасности раньше, чем те ее заметят.

 
Свои норы сурки устраивают среди камней очень аккуратно и незаметно: вход в нору всегда находится под крупным камнем, вырытой земли возле него нет, а тропинки малозаметны. Черношапочные сурки живут семьями — обычно семья, занимающая одну систему нор и использующая общую кормовую территорию, включает пару и потомство 2-3 последних лет. Несколько семей, проживающих недалеко друг от друга, образуют колонию — сообщество, которое имеет свою сложную зрительно-звуковую сигнализацию. 

Колонии сурков обычно обитает в системе из 4-5 летних нор, около 10 жировочных (временных) нор и одной зимовочной. Камеры и ходы зимовочной норы располагаются на небольшой глубине, в слое почвы, который промерзает. Чтобы утеплить ее, сурки отделывают стены гнездовой камеры смесью сухой травы и земли. Когда приходят холода, ходы, связанные с гнездовой камерой, конопатятся сухой травой. А со второй половины сентября начинается залегание в спячку. Все члены одного поселения засыпают в гнездовой камере все вместе, плотно прижавшись друг к другу. Если особей в колонии достаточно много, то сурки могут лежать даже в два яруса. Спячка длится 6-7 месяцев и более. 

Пробуждение происходит в мае, хотя снег стаивает только в середине июня. А за 3—4 недели до выхода на поверхность сурки спариваются. В одном выводке бывает в среднем 5—6 сурчат. Питаются сурки в основном растительной пищей — голубикой, брусникой, шикшей, семенами кедрового стланика. Однако весной, чтобы быстрее восстановить растраченные за зиму запас жира, охотно поедают и животный корм — мелких птиц, млекопитающих, дождевых червей, насекомых.

Выжить в неблагоприятных условиях зверьку помогают и некоторые особенности линьки. Старые волоски выпадают уже после того, как хотя бы немного отрастут новых, так что оголенным тело черношапочного сурка не бывает даже в разгар линьки — это помогает сохранять тепло при низких температурах.