Для окормления многотысячной православной диаспоры, оказавшейся на территории Маньчжурии после Революции в России Указом Высшего церковного управления за границей от 29 марта 1922 года в полосе отчуждения КВЖД учреждалась епархия с кафедрой в Харбине, правящему архиерею усваивался титул — епископ Харбинский и Цицикарский. Харбинская епархия была независима от Русской духовной миссии в Пекине и непосредственно подчинялась Архиерейскому синоду РПЦЗ. Торжественное открытие епархии состоялось 14/27 сентября того же года при 28 церквах; три года спустя насчитывалось уже более 40 приходов и два монастыря — мужской и женский. 

В 1932 году Маньчжурию оккупировали японские войска, было образовано марионеточное государство Маньчжоу-го со столицей в Синьцзине (Чаньчунь). Постепенно японские власти стали вмешиваться и в церковные дела. В 1943 году японская администрация стала требовать от всех граждан Маньчжурии публичного поклонения верховной богине японского пантеона Аматерасу. Отказавшихся от церемониальных поклонений, преследовали по действующему в Японии законодательству. Православным архиереям после долгих хлопот и борьбы удалось добиться решения об отмене для русских поклонения синтоистским божествам. 

18 августа 1945 года Харбин под звон церковных колоколов встречал вступление в город передовых подразделений Красной армии.