Для защиты от клещевого энцефалита была изготовлена культуральная убитая вакцина против клещевого энцефалита. Над ней работали Н.В. Каган (1938), А.А. Смородинцев, Е.Н. Левкович (1940) с группой научных сотрудников и лаборантов. В 1940 г. были отобраны группы, примерно сходные по численности, опасности инфицирования и другим условиям. В апреле подверглись вакцинации 1980 заключенных Дальлага. 

Контрольная группа в одном из лагерей насчитывала 2387 человек. Наблюдения и контроль были возложены на эпидемиолога Н.Л. Данковского, который с апреля, времени начала вакцинации, безотлучно находился в лагерях и ежедневно следил за заболеваемостью, продолжавших работать в тайге. В итоге оказалось, что среди 1987 привитых было девять заболеваний, и все заболевшие остались живы. В контрольной группе (2387 человек) случилось 37 заболеваний клещевым энцефалитом, из которых 12 оказались летальными. Усовершенствованием инактивированной вакцины продолжила работать Е. Левкович. С 1960 г. инактивированная культуральная вакцина используется для профилактики клещевого энцефалита — это главное средство защиты от вируса. 

В 1954 г. началось производство вакцины против клещевого энцефалита в Томском НИИ вакцин и сывороток. Производство началось именно здесь не случайно: Томская область была признана очагом этого заболевания ещё в 1939 г. Дальний Восток считается классическим очагом клещевого энцефалита. На большом производственном предприятии, Томском НИИ начали производство «мозговой» вакцины, основным компонентом которой был инактивированный вирус клещевого энцефалита из мозга белых мышей.

После первых лет вакцинации выяснилось, что у многих привитых людей появлялась масса негативных реакций. Путём тщательного исследования было установлено, что основным компонентом, вызывающим эти негативные реакции, стала мозговая ткань мышей, на основе которой вырабатывалась вакцина.

В этой связи в конце 1950-х гг. Михаил Чумаков в своём институте, вместе с коллегами, начал работу над принципиально иной вакциной, в которой мозговая ткань мышей была заменена на куриные эмбрионы. Прививка, созданная в институте Чумакова, представляла собой препарат из обезвреженного формалином и адсорбированного на гидроокиси алюминия или на фосфате алюминия вируса клещевого энцефалита, выращенного в тканевой культуре куриного эмбриона («в пробирке»).