Первые специально изготовленные чернильницы были керамическими. В частности, глиняной была чаша, найденная археологами в древнеримском городе Геркулануме, засыпанном пеплом в I веке н. э. На ее дне сохранился осадок темного цвета. После проведения исследований выяснилось, что это была самая старая чернильница, в которой на протяжении многих веков находились античные краски для письма. Со временем подобные сосуды стали делать из металла, рога, кожи и т. д.

 
С развитием промышленности, а также в зависимости от страны и эпохи чернильницы приобретали разные формы и размеры и изготавливались из любых твердых веществ. Фарфор, металл, камень, янтарь, стекло, дерево — все использовалось в производстве этого аксессуара для письма.

 
Для богатых домов мастера создавали экземпляры из золота и серебра, дорого инкрустированные камнями, украшенные росписью и эмалью. Чернильницы часто служили подарками для высокопоставленных персон. Особенно ценились произведения искусства от Фаберже и де Мальи.

 
В XX веке чернильница превратилась в совершенно обыденный предмет, из ее оформления исчезли излишние элементы декора, основными материалами для изготовления стали искусственные пластики — бакелит и карболит — и стекло. В годы СССР наибольшей популярностью пользовались так называемые чернильницы-непроливайки, изобретенные английскими стеклодувами еще в 1700-х годах. Их устройство позволяло избежать чернильных луж и брызг при опрокидывании стаканчика с едкой краской, которую было невероятно сложно вывести с одежды.

Чернильница, как и перьевая ручка, являлась обязательным предметом для советского школьника. Стоящей на парте чернильницей пользовались оба ученика, попеременно обмакивая туда свои перьевые ручки. Непроливайки просуществовали в учебных заведениях страны до конца 1970-х годов и были вытеснены шариковыми ручками.

 
На сегодняшний день чернильницами пользуются художники при определенных работах с жидкой краской.