В 1643 году на месте крепости по грамоте царя Михаила Федоровича Романова был основан Никольский монастырь. Он оставался деревянным до последней четверти XVII века. В 1686–1689 годах на средства гороховецкого купца Семена Никифоровича Ершова здесь возвели каменную Троице-Никольскую церковь.

В последующие годы, вплоть до середины XVIII века, территория монастыря активно застраивалась. Надвратная церковь Покрова Богородицы была построена в 1689 году на средства гороховецкого купца Григория Авдеевича Ширяева, который на тот момент был посадским старостой. Благодаря его родному брату, купцу Ивану Ширяеву, в Гороховце были построены три каменные церкви.

В описи 1764 года церковь была упомянута как сооружение с одним престолом и одной главой. Кроме того, упоминались одноэтажные кельи, которые примыкали к ней с севера и юга. Вход в храм из притвора украшала большая древняя фреска с изображением Похвалы Пресвятой Богородицы — праздника Православной церкви в честь избавления Константинополя от нашествия врагов. Внутри Надвратной церкви был установлен иконостас с позолотой петровской эпохи.

В течение двух веков церковь Покрова Богородицы просуществовала без каких-либо изменений, удалось сохранить даже деревянную кровлю. Лишь в 1893 году храм отреставрировали на средства местной благотворительницы. При советской власти, в 1922–1923 годах, Николаевский монастырь закрыли, насельники — монахи и послушники — покинули обитель. В 1930-х годах храм был навсегда разобран.

Первые разведочные работы на месте разрушенной надвратной Покровской церкви провели в 1991 году под руководством археолога Виктора Петровича Глазова. В 2017 году с целью локализации проездных ворот было заложено несколько шурфов.

В одном из таких вертикальных раскопов на глубине 0,5–0,9 метра от уровня дневной поверхности был расчищен угол кирпичной конструкции. Исследователи интерпретировали его как северо-восточный угол северной кельи. Наиболее яркой находкой является фрагмент большого белокаменного креста с рельефным изображением распятия.